《人民银行南京分行支付系统参与者考核评价办法》的考核方式采取百分制。对违反《中国人民银行支付系统参与者监督管理办法》规定的支付系统参与者、管理者和运行者按考核评价标准扣除相应的分值。

根据《人民银行南京分行支付系统参与者考核评价办法》规定，因资金不足，导致支付系统支付指令排队的，自考核期内第3次起每发生一次扣1分。

根据《人民银行南京分行支付系统参与者考核评价办法》规定，因自身及管辖的间接参与者在当地同城清算备付金不足，导致ACS延长业务处理时间的，每发生一次扣10分。

根据《人民银行南京分行支付系统参与者考核评价办法》规定，因清算账户余额不足导致在清算窗口预定关闭时仍有大额支付系统排队业务的，每发生一次扣10分。

根据《人民银行南京分行支付系统参与者考核评价办法》规定，因资金不足，造成清算窗口打开的，每发生一次扣10分。

根据《人民银行南京分行支付系统参与者考核评价办法》规定，参与者行内业务系统不完善，无法满足人民银行支付清算系统的功能要求，下属营业网点的支付系统业务不能正确办理的，有一项扣10分。

根据《人民银行南京分行支付系统参与者考核评价办法》规定，参与者业务系统与支付系统之间的安全保密机制出现问题并造成严重影响的，每发生一次扣10分。

根据《人民银行南京分行支付系统参与者考核评价办法》规定，存在重大风险隐患，影响支付系统安全运行的，每发生一次扣20分。

根据《人民银行南京分行支付系统参与者考核评价办法》规定，因内控制度不健全或执行不到位，发生资金风险的，每发生一次扣10分。

根据《人民银行南京分行支付系统参与者考核评价办法》规定，因本参与者系统故障影响支付系统正常运行的，每发生一次扣5分。

根据《人民银行南京分行支付系统参与者考核评价办法》规定，违反支付系统业务管理规定，影响其他参与者或客户支付业务正常处理的，每发生一次扣10分。

根据《人民银行南京分行支付系统参与者考核评价办法》规定，因管理原因造成密押设备或数字证书丢失的，每发生一次扣10分。

根据《人民银行南京分行支付系统参与者考核评价办法》规定，退出支付系统后3个工作日内未办理应用程序、密押设备、数字证书等移交和注销的,每发生一项扣5分。

根据《人民银行南京分行支付系统参与者考核评价办法》规定，系统维护员、业务主管、操作员没有定期更改用户口令的，每发生一次扣5分。

根据《人民银行南京分行支付系统参与者考核评价办法》规定，没有对支付系统使用的存储介质进行病毒检查，导致计算机病毒侵入的，每发生一次扣2分。