网上支付跨行清算系统对通过净贷记限额检查的支付业务进行实时轧差，对未通过净贷记限额检查的支付业务做拒绝处理。

网上支付跨行清算系统轧差净额应在每天清算时点发送清算账户管理系统进行资金清算，但在发生网络故障等异常情况时，网上支付跨行清算系统可将轧差净额作暂存处理，待故障恢复后提交清算。

法定节假日期间，网上支付跨行清算系统暂停对支付业务进行轧差处理，轧差净额待法定节假日后的第一个清算账户管理系统工作日提交清算。

已提交清算账户管理系统的网上支付跨行清算系统轧差净额必须在当日足额清算，不得撤销或退回。

清算账户借记控制时，网上支付跨行清算系统停止受理借记该清算账户的支付业务，但对已轧差的支付业务应当提交清算。

在网上支付跨行清算系统日切时点，网银中心将当日最后一场轧差净额提交清算。

网上支付跨行清算系统在日切后进入次日暂停业务处理，内部轧账。

网上支付跨行清算系统轧差净额全部清算完毕后，清算账户管理系统与网银中心核对当日处理的轧差净额和已清算的支付业务。

日切处理完成后，清算账户管理系统汇总所有清算日期为当日但轧差日期不为当日的网上支付跨行清算系统轧差净额信息，并按直接接入银行机构分发至相应的中国人民银行分支机构会计营业部门。中国人民银行分支机构会计营业部门收妥信息后，按照中国人民银行普通准备金利率和延迟清算天数，分别借记或贷记差额计收或计付利息。

经批准开展网上银行业务的银行业金融机构可申请加入网上支付跨行清算系统。

银行业金融机构申请以代理接入银行机构加入网上支付跨行清算系统的，应按照中国人民银行发布的系统互联规范，完成接口软件开发和行内业务系统改造，并通过中国人民银行的验收。

中国人民银行省级分支机构受理银行业金融机构申请加入网上支付跨行清算系统申报材料后，应在5个工作日内完成初审。同意加入的，形成初审意见报送中国人民银行总行业务管理部门。中国人民银行总行业务管理部门收到中国人民银行省级分支机构上报的初审意见后，会同中国人民银行总行技术管理部门和工程实施部门审核确认。

中国人民银行省级分支机构应组织对银行业金融机构申请加入网上支付跨行清算系统准备工作进行验收，验收内容包括软、硬件环境和接口软件开发等，验收合格后应出具验收报告。

网上支付跨行清算系统的管理者应当遵守《网上支付跨行清算系统业务处理办法（试行）》以及其他相关规定，加强内部控制管理，建立健全应急处置机制，保证系统安全稳定运行和业务的正常处理。

银行业金融机构在收到加入网上支付跨行清算系统的书面批准后1个月内未完成有关准备工作且无正当理由的，该机构在3个月内不得再次申请加入网上支付跨行清算系统。